大陳島一共撤離了約2萬8千名的居民與軍隊，其中居民前往台灣安置，軍人則移防至金門、馬祖等地。其後，中華民國反共救國軍自大陳島撤退後，曾於釣魚台短暫駐軍。

從中華民國國防部史政局的檔案，以及美軍太平洋艦隊司令部已公開的1955PF7TH03file中，至少有兩件事，說明釣魚台被中華民國軍方使用，第一次使用的紀錄比較短，即1949年，中華民國游擊隊自舟山群島撤退時，一度駐紮釣魚台列嶼。

在國防部的記錄也不多，所幸尚有國防部技術室少將王微的部分報告，王微將軍從西北到大陳，一直是胡宗南副手，尤其在胡宗南化名秦東昌為反共救國軍總司令時，是主要幕僚，其回憶錄應屬正確，其重要內容：

能武能商女中豪傑

大陸撤退後沿海遊擊隊大致有3種成分：一種是抗日時期的遊擊隊，在抗戰結束後有些未全部解散，有些仍保留組織；第二種成分是幫會，主要是上海一帶的青幫，16年的清黨，青幫為中央出過力，因此為共黨所不能容，大陸淪陷後他們便組織成為游擊隊；第三種成分是各縣自衛隊、員警自衛隊等，員警和自衛隊多數是年輕光棍，對家室顧慮很少，舟山群島撤退時，他們立刻結隊亡命外島，根據無線電波的標示，就是現在的釣魚台，其中還包括傳奇性的女游擊英雄黃百器（黃八妹）的部隊。後來因水源和給養的問題，轉往大陳群島，大陳撤退後遷台。

黃八妹為浙江平湖人，原名黃有梅，生有一女，抗戰勝利後，改名黃百器，她本是一漁家女，富有愛國思想，對日抗戰時，穿著土布衣，頭戴軍帽，腰掛兩支左輪，故人稱她為雙槍黃八妹，初任護航隊隊長，及忠義救國軍區司令，有時駕著帆船，冒充打漁人，有時蹲著海邊，偽裝尋貝殼的人，遇到日軍，先以甜言蜜語，誘之入殼，然後拿出雙槍，殺他一個不留，被譽為女中英豪。

她的丈夫名謝友聲，綽號太保阿田，是一職業軍人，在抗戰剿匪戰役中，卓著功績，中央曾授以第六十七師師長，大陸撤退前，謝友聲和共軍戰於浙西5天5夜，終以彈盡援絕，被俘殉國。1949年黃八妹任浙東遊擊司令部北海縱隊司令，就是此時進占釣魚台。她在大陳撤退到台灣之後，為照顧自已的部下、眷屬，乃自食其力，在台北縣新店鎮江陵里，創辦「大陳婦女手工刺繡縫紉所」，所出成品相當美麗，參加台北、台南兩次商展，深受好評。這種能武能商的女中丈夫，真奇人也。

第二件和釣魚台發生關連的，則為「第三清德丸」事件，此事在國際間，鬧了不小風波。事因起於「反共愛國軍」從大陳撤退說起：

1954年9月3日，解放軍對金門發動大規模的九三砲戰，引發第一次台海危機。韓戰停戰後解放軍迅速強化東南沿海基礎建設，從1950年起，上海修建可供噴射戰鬥機起降的機場，試圖奪取被國民政府掌控之制空權。1954年國共多次於東南沿海進行空戰，位於台灣的噴射戰鬥機航程不足，無法支援大陳地區；在技術優勢下，解放軍空軍取得了大陳周邊的制空權。隨後1954年11月14日，於大陳駐守的太平艦，遭解放軍魚雷快艇擊沉，國民黨政府於大陳地區戰力，迅速萎縮，只能固守各島，失去主動權。